367 krizi gölgesinde yapılan 27 Nisan 2007'deki cumhurbaşkanlığı seçimi ilk tur oylamasının gecesinde Genelkurmay Başkanlığının yayımladığı "e-Muhtıra" kara bir leke olarak tarihteki yerini aldı. Türkiye'de ilk olma özelliğini taşıyan "e-Muhtıra"ya karşı hükümetin bir gün sonra yaptığı açıklama, Türk demokrasisi açısından bir kırılma noktası oldu, muhtıra, 29 Ağustos 2011'de Genelkurmay Başkanlığının internet sitesinden kaldırıldı.
Dönemin Genelkurmay Başkanı Orgeneral Yaşar Büyükanıt ise yıllar sonra 8 Kasım 2012'de TBMM Darbeleri ve Muhtıraları Araştırma Komisyonunda metni bizzat kendisinin kaleme aldığını açıklarken, bunun bir muhtıra değil, "laiklik hassasiyetini ortaya koyan bir metin" olduğunu söyledi. Büyükanıt hakkında, e-Muhtıra'dan ancak 5 yıl sonra soruşturma açıldı. 2012'de yapılan şikayetler üzerine başlatılan soruşturma, dosyanın tek şüphelisi olan dönemin Genelkurmay Başkanı Yaşar Büyükanıt'ın 21 Kasım 2019'da hayatını kaybetmesinin ardından kapatıldı.